La Controlaría General de Caldas fue fundada en 1928, mediante la ordenanza Nº27 del 28 de abril, por la Asamblea Departamental de Caldas, en ella se establece la administración de la Contaduría y Fiscalización Departamental y Municipal, bajo la responsabilidad de un Contador General y cuatro Contadores Auxiliares.

La Asamblea Departamental de Caldas mediante la Ordenanza Nº 012 del 19 de marzo de 1991, acogiendo la nueva Constitución Política de Colombia, reorganizó la Contraloría General de Caldas en una entidad técnica, con la autonomía administrativa y presupuestal, además de una nueva estructura orgánica y administrativa.

El Control Fiscal se estableció según la Ley, en forma posterior y selectiva, el Contralor General era elegido por la Asamblea según la terna propuesta por el Tribunal Superior y el Tribunal Contencioso Administrativo, y se organizó el presupuesto por medio de Ordenanza al igual que la planta de personal.

El precepto 23 del Acto Legislativo 02 del primero de julio de 2015 modificó los incisos cuarto y octavo del artículo 272 de la Constitución Política, en el sentido de precisar que -desde esa fecha- los Contralores departamentales, serán elegidos por las Asambleas Departamentales, mediante convocatoria pública siguiendo los principios de transparencia, publicidad, objetividad, participación ciudadana y equidad de género, para periodo igual al del Gobernador respectivamente.